Cor é a característica mais importante das gemas. No caso da maioria das pedras, não é diagnóstico de identificação, pois muitas têm a mesma cor e numerosas pedras ocorrem em várias cores. A cor é produzida pela luz; luz é uma vibração magnética de determinados comprimentos de onda. O olho humano pode perceber comprimentos de onda somente entre 4000 Å e 7000 Å. Esta luz visível se divide em 6 partes, cada uma de uma cor particular (cores espectrais: vermelho, alaranjado, amarelo, verde, azul, violeta). A mistura de todas estas produz luz branca. Se, contudo, um certo comprimento de onda é absorvido, a mistura remanescente produz uma cor, mas não a branca. Se todos os comprimentos de onda passam através da pedra, ela aparece incolor; se toda a luz é absorvida a pedra aparece preta. se todos os comprimentos de onda são absorvidos com o mesmo grau, a pedra é branca opaca ou cinzenta. Se, contudo, somente certos comprimentos de onda são absorvidos, a pedra terá a cor resultante da mistura espectral remanescente.
No caso das gemas, os metais, principalmente o cromo, o ferro, o cobalto, o cobre, o manganês, o níquel e o vanádio, absorvem certos comprimentos de onda da luz branca e assim causam coloração. Algumas vezes estas substâncias aparecem na pedra em quantidades tão pequenas que elas não são indicadas na fórmula química. No caso do zircão e do quartzo enfumaçado nenhuma substância estranha é responsável pela cor; ela é causada pela deformação da estrutura interna (retículo) e é produzida por raios de onda curta da atmosfera (raios ultravioleta) resultando em uma absorção seletiva.
A distância que o raio de luz viaja através da pedra pode também influenciar absorção e assim a cor. O lapidador deve portanto usar este fato para sua vantagem.
As gemas levemente coloridas geralmente são lapidadas com espessuras maiores ou suas faces guardam um certo arranjo de tal forma que o caminho da absorção aumenta e a cor se torna mais forte ou intensa. Os materiais de cores mais escuras devem ser lapidados com espessuras menores.
A granada almandina vermelha escura é, portanto, freqüentemente escavada do lado de baixo. A luz artificial tem uma influência sobre a cor de uma gema já que ela é composta diferentemente da luz do dia. A luz artificial tem um efeito desfavorável em algumas pedras (por exemplo, a safira) e um efeito favorável em outras (esmeralda e rubi). A mudança mais óbvia ocorre na alexandrita que é verde à luz do dia e vermelha à luz artificial.
Embora a cor seja muito importante nas gemas, com exceção dos brilhantes, não se conhece nenhum método prático de determinação objetiva da cor. Os métodos de mensuração usados na ciência para determinação da cor são complicados demais e dispendiosos para o comércio.
Cor do traço
A aparência da cor das gemas, até no mesmo grupo, pode variar muito. Por exemplo, o berilo pode ter todas as cores do espectro, mas também pode ser incolor. Esta ausência de cor é a cor verdadeira, é denominada “cor inerente”. Todas as outras são produzidas por substâncias corantes. A cor inerente, como ela é constante, pode ajudar a identificação de uma pedra. A cor pode ser vista riscando o mineral sobre um prato de porcelana desvitrificada, denominado “placa para risco”, porque o pó dividido finamente tem o mesmo efeito como se fossem plaquetas transparentes. A hematita espetacular, por exemplo, tem um risco colorido (denominado traço) que é vermelho. O traço deixado pela pirita amarela, na porcelana, é preto e a sodalita azul deixa um traço branco. No caso do mineral ser muito duro é aconselhável, primeiro, produzir um pouco de pó com uma lima de aço e depois esfregá-lo sobre a placa de risco. Estes métodos de determinação são de interesse especial para os colecionadores. Porque há perigo de danificá-las, as gemas lapidadas nunca são experimentadas na placa.